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林关宁

林关宁,博士,上海交通大学特别研究员,上海高校特聘教授(东方学者),博士生导师。美国贝勒大学(Baylor University)计算机科学学士(2003.06)和硕士学位(2005.06);美国密苏里大学(University of Missouri)信息学博士(2010.12)。2010年底起在美国加州大学圣迭戈分校(University of California, San Diego)医学院从事博士后研究。现任职上海交通大学特别研究员。长期从事神经疾病的病理和大数据分析相关的研究工作,具有非常丰富交叉学科背景常识和精神疾病研究经验。一直致力于利用高通量的-OMIC 生物数据组,通过计算信息学开发新的生物信息学计算澳门太阳集团娱乐8722方法,去深入了解精神疾病的分子机制、鉴定诊疗靶标。尤其擅长通过生物组学大数据,构建神疾病网络,并对其分析致病功能模块和通路,并进行实验验证。目标是开发神经系统和精神疾病,如自闭症、精神分裂症、双向情感障碍和强迫症等复杂性疾病的有效疗法。已在Neuron,Nature Communication,American Journal of Human Genetics,Bioinformatics, Cell等国际高水平杂志已发表SCI论文。


实验室网址:http://bmi.sjtu.edu.cn/

教育背景
2000-2004    学士, 计算机科学, 美国贝勒大学
2004-2005    硕士, 计算机科学, 美国贝勒大学
2005-2010    博士, 生物信息学, 美国密苏里大学
工作经历
2011-2016    博士后研究员, 基因组学, 美国加州大学圣地亚哥分校
2016-至今    特别研究员,博导,澳门太阳集团娱乐8722工程学院,上海交通大学
研究方向

生物信息学/计算生物学 在复杂型疾病及临床的应用,及生物组学和医学大数据挖掘与分析


科研项目
主持国家自然科学基金面上、国家重点研发计划子课题、上海市东方学者人才计划等
代表性论文专著
  1. Lin GN*, Guo S, Tan X, Wang W, Song W, Qian W, Wang J, Cui DH*, Wang H*. PsyMuKB: A De Novo Variant Knowledge Base Integrating Transcriptional and Translational Information to Identify Isoform-specific Mutations in Developmental Disorders. Genomics Proteomics & Bioinformatics. 2019. Revised.
  2. Song W#, Zhang Y, Peng S, Zhang R, Ning A, Li H, Li X, Shen Y, Lin GN*Yu S*. Expression Alteration of microRNAs in Nucleus Accumbens is Associated with Chronic Stress and Antidepressant Treatment in Rats. BMC Medical Informatics and Decision Making. 2019. Accepted.
  3. Wang W, Corominas R, Lin GN*. De novo mutations from whole exome sequencing in neurodevelopmental and psychiatric disorders: from discovery to application. Frontiers in Genetics. 2019. doi: 10.3389/fgene.2019.00258.
  4. Pagel KA, Pejaver V, Lin GN, Nam HJ, Mort M, Cooper DN, Sebat J, Iakoucheva LM, Mooney SD, Radivojac P. When loss-of-function is loss of function: assessing mutational signatures and impact of loss-of-function genetic variants. Bioinformatics. 2017 Jul 15;33(14):i389-i398. doi: 10.1093/bioinformatics/btx272.
  5. Lin GN, Corominas R, Nam HJ, Urresti J, Iakoucheva LM. Comprehensive Analyses of Tissue-Specific Networks with Implications to Psychiatric Diseases. Methods Mol Biol. 2017;1613:371-402. doi: 10.1007/978-1-4939-7027-8_15. 
  6. Lin GN#, Corominas R#, Lemmens I, Yang X, Tavernier J, Hill DE, Vidal M, Sebat J, Iakoucheva LM. Spatio-temporal 16p11.2 protein network implicates cortical late mid-fetal brain development and KCTD13-Cul3-RhoA pathway in psychiatric diseases. Neuron. 2015 Feb 18;85(4):742-54. doi: 10.1016/j.neuron.2015.01.010. (Issue Highlights). 


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教学工作


  1. 医学生物信息学 (研究生专业基础课,本硕博贯通  2学分) 
  2. 科技英语写作与交流 (研究生公共基础课,博士生课程  2学分)


联系方式

邮箱地址:nickgnlin@sjtu.edu.cn

办公地址:教三楼 (Med-X研究院) 230室

网址:http://bmi.sjtu.edu.cn/

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